On Altıncı yüzyılın ikinci yarısında Protestan Reformu ve Katolik Reformu’nun karşı saldırısı Hıristiyanlığı neredeyse tamamen parçaladı. O zamandan sonra Hıristiyan dünyasında daha küçük ve muhalif tarikatların ortaya çıkmasına rağmen Batı Avrupa’nın büyük dini bölümlerini -Roma Katolikleri, Lutherciler, Kalvinciler, Anglikanlar- gösteren temel harita çok az değişti.

Bu mezhepler arasındaki uluslararası düzeydeki düşmanlık erken modern dönemin teolojik ifadelerinin birçoğuna ilham vermiştir. Diğer manifestoların bazıları ise münferit politik birimlerdeki resmi dinler ve azınlıkların dinleri arasındaki ilişkilerden doğmuştur. Bu yüzden Fransa’da baskı gören Kalvinciler (Huguenot’lar), Polonya’daki Lutherciler ve Hollanda’daki Katolikler ortak bir ilgi alanına sahipti: Devlet dinine karşı çıkma hakkı. Bunun tersine, Alman Lutherci prensler, İsviçre’deki Kalvinci oligarklar, İspanyol kardinalleri ve İngiltere’nin resmi kilisesinin Anglikan piskoposları başka konularda anlaşamasalar da politik itaati dinsel uyumla bağlantılandırmakta hemfikirdiler. Neticede ister Protestan, ister Katolik: ister azınlığın, ister çoğunluğun sözcüsü olsun, genel olarak tüm teologlar, kendilerine göre hiçbir ortodoks konuma uygun olmayan sapkın münferit tavırlarla savaşmanın yollarını arıyordu. “Sapkınlık” tanımlanırken elbette Protestanların hemfikir olması beklenemezdi, ancak Katolikler de diğer Katoliklere çoğu zaman çılgınca bir şiddetle saldırıyordu.

Ancak böylesi fırtınalar ortasında, başlarda pek kuvvetli olmayan başka sesler de duyulabiliyordu; bu sesler dini çekişmelerin şiddetle bastırıldığı durumlarda kimin yargılama hakkına sahip olduğunu sorarak başladılar, ardından On Yedinci yüzyılın sonlarında ve özellikle On Sekizinci yüzyılda daha da cesaretlenerek ilahiyat ile insanın iyiliği ve kötülüğü arasındaki ilişkiyi sorguladılar. Bilim, tarih ve fizyoloji alanlarındaki bilgilerin artması şüphesiz bu eğilimi cesaretlendirdi. Hıristiyanların çok uzak kültürlerle ve dini düşüncelerle tanışması ve böylece Avrupa’nın dünya ufkunun genişlemesi de bunda etkili oldu. Bu açıdan geniş bir kıyaslama temeli elde etmeleri şüphesiz yeni çağrılar getirdi.

Dinsel meselelerde eleştiri yapma eğilimi hiçbir şekilde (genel olarak 1680 ile 1790’lar arasını kapsayan) “Aydınlanma” olarak adlandırdığımız geniş entelektüel hareketin tek özelliği olmasa da bu hareket için inkâr edilemez derecede önemliydi. Aydınlanma düşünürlerinin kendilerini adlandırmayı sevdikleri sıfatla, filozoflar teolojik tutuculuğun karşısına gerçekten de yeni meydan okumalarla çıktı. Ancak bunlardan çok azı dinsel meselelere tamamen negatif bakıyordu. Her şeyden önce etik sorulara takılmışlardı. Erdemli davranışın tanımı kilise doktrininin çeşitli cemaatlerinde açıklandığı gibi İncil’de bulunabilir mi? Eğer böyleyse sağduyulu bir insan böylesi bir doktrini kabul edebilir mi? Eğer bulunamıyorsa böylesi bir insan bir ahlak rehberini nereden bulacaktır?

Erken modern dönem bazen dinsel düşüncelerde enerjinin verimsizliğe dönüşümü olarak tanımlanır. Ama dinin, sadece teolojik terimlerle anlatılsa da, anlatılmasa da etik meseleleri de içerdiği düşünülürse, Aydınlanma dönemi Batılı insanın kendisinden daha büyük ve daha iyi bir şey düşünmesini anlatan hikâyenin zengin bir bölümünü oluşturur.